Původní Katedra speciální pedagogiky Pedagogické fakulty Univerzity Palackého v Olomouci byla ustanovena v říjnu roku 1965. Tvořili ji čtyři odborní asistenti. Kromě interních spolupracovníků měla katedra mnoho externích spolupracovníků z řad lékařů, vědeckých pracovníků a dlouholetých ředitelů škol pro žáky se zdravotním postižením. Prvním vedoucím katedry se stal PhDr. Josef Sasín, CSc. Na katedru speciální pedagogiky nastoupil 1. července 1968 PaedDr. Ladislav Štejgerle, který ale již předtím byl účastníkem jednání o jejím zřízení a s katedrou spolupracoval.

Všichni pracovníci katedry se soustřeďovali především na její vybudování po stránce organizační, profesionální i hmotné. Od roku 1968 katedra sídlila v budově na Univerzitním náměstí č. 1. Již od svého založení zajišťovala denní studium i studium při zaměstnání pro obor učitelství a vychovatelství. Katedra byla organizátorem významných speciálněpedagogických seminářů a vědeckých setkání s mezinárodní účastí. Členové katedry se výrazně podíleli na odborné publikační činnosti, přispívali do sborníků speciální pedagogiky, zpracovávali skripta, publikovali v odborných časopisech. Neméně významný byl i přínos odborných asistentů při plnění výzkumných úkolů.

Katedra speciální pedagogiky prošla složitým obdobím v polovině 70. let, kdy po odchodu docenta Josefa Sasína došlo k personálním změnám a současně k reorganizaci studia – k přechodu z dosavadního pětiletého na čtyřleté integrované studium. Od roku 1974 byl PaedDr. Ladislav Štejgerle pověřen řízením katedry, spolu s novými členy katedry situaci na katedře konsolidoval a obhájil její dobrou pozici na poli speciální pedagogiky. V září 1978 odešel PaedDr. Ladislav Štejgerle do důchodu, ve vedení katedry ho tak vystřídal PaedDr. Ludvík Edelsberger. V roce 1986 začal na katedře pracovat pod vedením PaedDr. L. Ludíkové a PaedDr. A. Peutelschmiedové Klub speciálních pedagogů, který byl již dříve založen neoficiálně z iniciativy studentů speciální pedagogiky. Náplní jeho činnosti byly odborné přednášky, besedy, exkurze a setkávání speciálních pedagogů i studentů s odborníky jiných vědních oborů.

V září 1987 se osamostatnilo oddělení speciální mimoškolní pedagogiky a vedle katedry speciální pedagogiky vznikla i katedra nová s názvem katedra speciálních výchov.

Do čela katedry speciální pedagogiky byla jmenována doc. PhDr. Drahomíra Holoušová, CSc.

Od února 1990 do června 1991 byla katedra umístěna v objektu na tř. 17. listopadu (dnešní právnická fakulta). Od studijního roku 1991/1992 sídlí katedra na Žižkově náměstí č. 5. V témže roce byl do čela katedry jmenován doc. PhDr. Jaroslav Kysučan, CSc., který stál v čele katedry do srpna roku 1999. Od září 1999 ho ve vedení vystřídala prof. PaedDr. Libuše Ludíková, CSc. Po jejím jmenování děkankou Pedagogické fakulty UP v roce 2006 byl vedením katedry pověřen Mgr. Oldřich Müller, Ph.D.

Schválením novely Statutu PdF UP Akademickým senátem UP 4. 3. 2009 došlo k transformaci a přejmenování Katedry speciální pedagogiky PdF UP na Ústav speciálněpedagogických studií PdF UP. První ředitelkou ústavu byla jmenována doc. PhDr. Eva Souralová, Ph.D., od roku 2021 je ředitelem doc. Mgr. Jiří Langer, Ph.D.

Ústav speciálněpedagogických studií PdF UP je svého druhu největším akademickým pracovištěm v České republice zaměřeným na speciální pedagogiku. Realizuje širokou nabídku studijních oborů v bakalářském, magisterském i doktorském stupni studia (v českém, anglickém a ruském jazyce), umožňuje vykonat státní rigorózní zkoušku a disponuje oprávněním habilitačních řízení i řízení ke jmenování profesorem v oboru speciální pedagogika.

Kromě výuky realizuje ústav rozsáhlou vědecko-výzkumnou i publikační činnost, vydává odborný recenzovaný časopis Journal of Exceptional People, pořádá odborné vědecké konference a je úspěšným řešitelem řady výzkumných, inovačních nebo rozvojových projektů. Pracovníci i studenti ústavu rovněž velmi úzce spolupracují s Centrem podpory studentů se specifickými potřebami Univerzity Palackého v Olomouci. Při ústavu také funguje občanské sdružení Asociace studentů speciální pedagogiky.